Im September 1971 wird Paul Grüninger vom Staat Israel als «Gerechter unter den Völkern» ausgezeichnet, die Auszeichnung wird ihm ein halbes Jahr vor seinem Tod bei einer Feier in der Israelischen Botschaft in Bern überreicht.
In der «Allee der Gerechten» bei der Shoa-Gedenkstätte Yad Vashem in Jerusalem steht sein Name auf einer Tafel und ein Baum wächst zu seiner Erinnerung.
Am 15. Juni 1996, dem Internationalen Flüchtlingstag, weiht die Stadt St. Gallen einen Grüningerplatz ein. Bereits seit 1994 gibt es in einem Aussenquartier der Stadt einen Grüningerweg.
«Paul Grüninger, 1891-1972, rettete in den Jahren 1938/39 als kantonaler Polizeikommandant hunderte jüdische und andere Flüchtlinge vor der nationalsozialistischen Verfolgung. Unter Missachtung von Weisungen des Bundes ermöglichte er ihnen den Grenzübertritt im St. Galler Rheintal und wurde deshalb 1939 fristlos entlassen. 1940 wurde er gerichtlich verurteilt und 1995 durch einen Freispruch des Bezirksgerichts St. Gallen rehabilitiert.»
Die Platzbenennung in Anwesenheit des Stadtpräsidenten und des Landammanns wird zum Volksfest, die Otmarmusik St. Gallen führt den von einem Flüchtling 1939 komponierten Paul-Grüninger-Marsch auf.
Seit Oktober 2005 erinnert auch die Gemeinde Au-Heerbrugg im St. Galler Rheintal an den Flüchtlingsretter. Paul Grüninger hatte als junger Lehrer in Au gewohnt und dort seine spätere Frau Alice Federer kennengelernt. Nach seiner Entlassung, Verurteilung und Verfemung zogen die beiden 1944 zurück nach Au und lebten dort bis zum Tod.
Am Haus Kirchweg 4, in dem die Grüningers später wohnten, lässt die Gemeinde am 29. Oktober 2005 feierlich eine Tafel anbringen.
«In diesem Haus lebte von 1955 bis zu seinem Tod Paul Grüninger (1891–1972) – Ehemaliger Polizeikommandant des Kantons St. Gallen. – In den Jahren 1938 und 1939 rettete Paul Grüninger mehrere hundert, vielleicht einige tausend jüdische und andere Flüchtlinge vor der nationalsozialistischen Verfolgung, indem er sie im St. Galler Rheintal in die Schweiz einreisen liess. Mit diesen Handlungen verstiess er gegen die Weisungen der Schweizer Regierung. Er wurde deshalb 1939 fristlos entlassen und 1940 gerichtlich verurteilt. 1995 wiederholte das Bezirksgericht St. Gallen den Prozess gegen Paul Grüninger und sprach ihn frei.»
Im Mai 2006 eröffnet der St. Galler Fussballclub SC Brühl sein saniertes Stadion im Krontal unter dem Namen Paul-Grüninger-Stadion.Grüninger war zu Lebzeiten ein aktiver Fussballer, 1915 gehörte er zur Mannschaft, welche die Schweizer Meisterschaft gewann. Von 1924 bis 1927 und von 1937 bis 1940 präsidierte er den SC Brühl. «Von allen Ehrungen, die meinem Vater nach seinem Tod zuteil wurden, hätte ihn die Benennung der Sportanlage des SC Brühl nach seinem Namen wohl am meisten gefreut», sagt Grüningers Tochter, Ruth Roduner, bei der Einweihung.
In Au SG, wo Paul Grüninger und seine Frau Alice Grüninger-Federer viele Jahre lebten, wird im Herbst 2008 ihr gemeinsames Grab neu gestaltet. Entwurf und Ausführung besorgt Norbert Möslang aus St. Gallen.
Am 6. Mai 2012 wird die Rheinbrücke zwischen Hohenems (Vorarlberg) und Diepoldsau (St. Gallen) feierlich nach Paul Grüninger benannt. An dieser Stelle sind 1938/39 sehr viele Menschen in die Schweiz geflohen. In Diepoldsau liess Polizeihauptmann Grüninger zusammen mit der Jüdischen Gemeinde St. Gallen ein Flüchtlingslager einrichten. Viele Flüchtlinge, die Grüninger entgegen den Weisungen des Bundes aufnahm und rettete, verbrachten die erste Zeit ihres Exils in diesem Lager in Diepoldsau.
Am 17. April 1997 benennt die Stadt Wien eine neuerbaute Schule an der Hanreitergasse 2 in Floridsdorf nach Paul Grüninger. Die Initiative ist massgeblich von Sophie „Susi“ Haber (1922-2012) ausgegangen, die als junge Flüchtlingsfrau von Grüninger gerettet wurde und nach dem Zweiten Weltkrieg nach Wien zurückkehrte.
Am 29. Mai 1997 wird in Kiriat Ono bei Tel Aviv ein Paul-Grüninger-Platz eingeweiht.
Bereits 1996 hat der Zürcher Stadtrat beschlossen, einen Weg in Zürich Nord nach Paul Grüninger zu benennen, die Eröffnung erfolgt im August 2003.
2003 wird eine Paul-Grüninger-Strasse in Hohenems, Vorarlberg, eingeweiht.
Im April 2004 benennt die Stadt Jerusalem eine Strasse nach Paul Grüninger.
Im Juli 2015 wird in Weingarten, Württemberg, ein Haus des Studierendenwerks nach Paul Grüninger benannt.
Im Oktober 2017 tauft die israelische Stadt Rishon Lezion eine Strasse nach Paul Grüninger.
